Pada awal dari seri, Shinichi membawa teman baiknya, Ran, ke sebuah taman hiburan yang bernama "Tropical Land," untuk merayakan kemenangan Ran pada Kejuaraan Karate Metropolitan. Dia kemudian menyelesaikan sebuah kasus pembunuhan dengan pemenggalan yang terjadi pada kereta "Mystery Coaster" yang mereka tumpangi. Setelah mereka meninggalkan taman hiburan, Shinichi melihat transaksi mencurigakan antara seorang tak dikenal dengan seorang yang berpakaian hitam di daerah tersembunyi dekat taman hiburan. Dia meninggalkan Ran, yang disuruhnya pulang, dan diam-diam mendekati tempat transaksi itu. Saat ia berusaha mendengar percakapan antar 2 orang itu-- sebuah pemerasan yang bernilai 100 juta yen, dia tidak melihat ada seseorang menyelinap di belakangnya. Seseorang itu, orang lain yang berbaju hitam, menyerang kepalanya dengan pipa besi, dan kemudian memaksanya untuk menelan obat yang masih dalam tahap percobaan. Mereka kemudian meninggalkannya dengan anggapan bahwa dia telah mati. Obat ini, dikenal sebagai APTX 4869, sangat ampuh dan dirancang untuk membunuh orang tanpa meninggalkan bekas keberadaan korban setelah mati. Namun, Shinichi tidak mati, yang terjadi adalah efek samping dari obat itu. Perlahan-lahan dan dengan rasa sakit tubuhnya mengecil, mengembalikan tubuhnya seperti saat ia berusia 6 atau 7 tahun. Dengan putus asa dan bingung, Shinichi pulang ke rumahnya dan berlari ke rumah tetangganya, sekaligus teman dekat keluarganya profesor Agasa. Profesor Agasa orang yang baik, tetapi ia adalah seorang ilmuwan yang aneh, dan walaupun ia telah pensiun, dia tetap sering menciptakan alat baru yang nantinya akan membantu Shinichi menyesuaikan diri hidup sebagai anak-anak kembali ketika menyelesaikan kasus.
Shinichi mencoba memberitahunya apa yang terjadi dan meyakinkan bahwa dia diberikan obat yang membuat dirinya mengecil oleh orang berjubah hitam. Profesor Agasa memberitahu Shinichi agar merahasiakan identitias aslinya, karena jika orang berjubah hitam itu, yang kemudian disebut Organisasi Hitam, tahu bahwa dirinya masih hidup, mereka akan datang kembali dan membunuhnya, juga orang-orang yang dekat dengannya-- termasuk teman-temannya dan keluarganya. Profesor Agasa dan Shinichi juga khawatir karena tidak ada mayat ditemukan. Conan setuju bahwa sampai ia mempelajari banyak tentang mereka, lebih baik jika tetap membiarkan orang-orang beranggapan bahwa Shinichi telah mati. Dia juga tidak ingin Ran ikut terlibat.
Ran kemudian pergi ke rumah Shinichi (di mana Agasa dan Shinichi berada) mencarinya karena ia khawatir, dan melihat Shinichi kecil. Dia berpikir bahwa ia lucu dan bertanya namanya. Shinichi dengan cepat mencari dan kemudian mendapatkan nama samaran, Conan Edogawa (江戸川 コナン Edogawa Conan?) , dari nama Arthur Conan Doyle dan Edogawa Rampo. Profesor Agasa memberitahu Ran bahwa dia adalah saudara jauh yang orang tuanya terkena kecelakaan di luar negeri dan lebih baik jika dia tinggal bersama Ran, karena Agasa tidak tahu banyak caranya mengurus anak. "Conan" kemudian tinggal bersama Ran dan Ayahnya, Kogoro Mouri, seorang detektif pribadi, dengan harapan tinggal bersama detektif, dia dapat mengikuti kasus-kasus dan mendapatkan petunjuk mengenai "Organisasi Hitam". Sayanganya, Detektif Mouri tidak kompeten sehingga akhirnya Shinichi yang biasanya menyelesaikan kasus untuknya. Shinichi kadang-kadang membius Kogoro dengan sebuah jam tangan yang dapat menembakkan peluru bius dan menggunakan dasi kupu-kupu pengubah suara unutk berbicara dengan suara Kogoro. Karena itu, Kogoro menjadi terkenal karena analisanya yang menakjubkan. Kasus perlahan-lahan menjadi banyak dan kadang-kadang memberikan petunjuk terhadap Organisasi Hitam.
Untuk menjaga rahasia Conan, Profesor Agasa memasukkan Conan ke Sekolah Dasar Teitan, di mana Conan berteman dengan 3 teman sekelasnya, Ayumi Yoshida, Genta Kojima, dan Mitsuhiko Tsuburaya. Kemudian mereka bersama-sama membentuk Junior Detective League (少年探偵団 Shōnen Tantei-dan?). Conan menyadari walaupun anak-anak ini benar-benar anak-anak, mereka cerdik dan sering membantunya memecahkan kasus sulit.
Conan juga berteman dengan 灰原哀 (Ai Haibara?), yang dibesarkan dalam Organisasi Hitam dan merupakan mantan anggota dari organisasi itu bersama kakak perempuannya. Nama aslinya adalah Shiho Miyano, seorang ilmuwan biologi dan merupakan pencipta APTX 4869. Dia meminum obat tersebut untuk bunuh diri setelah kakaknya dibunuh oleh orang yang sama dengan orang yang menyerang dan mengecilkan Shinichi, saat dia sedang merancanakan untuk keluar dari organisasi bersama dengan Shiho. Obat itu juga berefek sama padanya, dan juga kembali menjadi anak-anak. Dengan penampilannya yang seperti anak-anak, dia meninggalkan organisasi, dan kemudian Profesor Agasa menemukan dan membawanya untuk tinggal bersamanya. Dia menjadi rekan Conan yang berharga. Dia melanjutkan penelitian penawar dari APTX 4869.
Conan kembali ke tubuh normal beberapa kali. Pertama kali saat episode 48-49 di mana ia berubah kebentuk normal unutk beberapa saat setelah meminum alkohol ketika ia demam. Dia kembali menjadi Conan setelah menyelesaikan kasus. Berikutnya pada episode 191- 193 (Bab 3-7 volume 26), di mana ia kembali ke bentuk normal dalam 2 hari setelah meminum prototipe penawar APTX 4896. Dia menyelesaikan 2 kasus, dan menikmati kencan yang tidak selesai dengan Ran di restoran di mana ayahnya melamar ibunya. Pada seri ke 647 to 654, Conan kembali ke bentuk normal pada saat membantu memecahkan kasus. Dia secara tidak sengaja meminum prototipe penawar APTX 4896, karena menggangap itu obat demam dan kembali menjadi Shinichi. Setelah kasus terpecahkan, waktunya telah habis dan ia bersembunyi di toilet dari teman-temannya. Ai memberikan penawar kedua, dan memberikan waktu 24 jam lagi menjadi Shinichi. Ai memperingatkan bahwa karena sistem imunitas, obat itu tidak akan bertahan 24 jam seperti sebelumnya. Pada akhirnya, Shinichi kembali menjadi Conan setelah 4 jam.
Shinichi Kudo (Conan Edogawa) mengidolakan Hide, pemain sepak bola dalam Detektif Conan, dan Ray Curtis, pemain sepak bola yang berasal dari Eropa.
Sumber : id.wikipedia.org
